У некоторых пациентов не появляется никаких симптомов болезни в течение 10 лет после того, как она была диагностирована при обычных исследованиях функции печени. Как правило, первичный склерозирующий холангит прогрессирует постепенно.
Лекарства, например кортикостероиды (гормональные противовоспалительные средства), азатиоприн, пеницилламин и метотрексат, малоэффективны, но могут вызывать тяжелые побочные эффекты. Действие урсодиола мало изучено. Единственным известным способом излечения при этом смертельном заболевании является трансплантация печени.
Первичный билиарный цирроз может осложняться рецидивирующим воспалением желчных протоков (бактериальным холангитом), которое требует лечения антибиотиками. Суженные протоки расширяют эндоскопическим или хирургическим способом. Злокачественная опухоль желчных протоков (
холангиокарцинома) развивается у 10-15% больных с первичным склерозирующим холангитом; опухоль растет медленно. Чтобы расширить пораженные протоки, в них ставят стенты с помощью эндоскопа. Иногда требуется операция.