Люди, у которых обнаруживается язвенный проктит (воспаление и образование язв в прямой кишке), имеют благоприятный прогноз. Тяжелые осложнения маловероятны; однако у 10-30% таких пациентов болезнь постепенно распространяется на толстую кишку (то есть развивается
неспецифический язвенный колит). Операция бывает необходима в редких случаях, и продолжительность жизни не отличается от средней. Тем не менее в некоторых случаях заболевание трудно поддается лечению.