Лечение направлено на предотвращение формирования
камней из цистина за счет поддержания его низкой концентрации в моче. Чтобы содержание цистина оставалось все время низким, больной цистинурией должен пить столько жидкости, чтобы количество мочи составляло по крайней мере 4 л в день. Однако ночью, когда человек не пьет, образуется меньше мочи и формирование
камней более вероятно. Эту опасность уменьшает обильное питье перед сном. Другая мера лечения - поддержание щелочной реакции мочи за счет приема бикарбоната натрия (питьевой соды) и
ацетазоламида. Цистин легче растворяется в щелочной среде, чем в кислой.
Если
камни продолжают образовываться несмотря на эти меры, может быть назначено лекарство, например пеницилламин (купренил). Пеницилламин реагирует с цистином, сохраняя его в растворенной форме. Тем не менее приблизительно у половины всех людей, принимающих пеницилламин, развиваются побочные эффекты, например повышение температуры тела, сыпь или боль в суставах.